O Conselho Fiscal é órgão responsável pela fiscalização da gestão econômico-financeira da iNOVA Capixaba, sendo constituído por 03 (três) membros e seus respectivos suplentes, nomeados pelo Chefe do Poder Executivo. São eles:

1) Titular indicado pela Secretaria de Estado da Saúde (Presidente): Maria de Lourdes Soares
- Suplente: Luciano Santiago Uchôa

2) Titular indicado pela Secretaria de Estado da Fazenda: Ellen Botelho Martins
- Suplente: Bruno Pires Dias

3) Titular indicado pelo Conselho Estadual de Saúde: Rute Cristina de Queiroz Costa
- Suplente: Paulo da Silva Teixeira