O Conselho Fiscal é órgão responsável pela fiscalização da gestão econômico-financeira da iNOVA Capixaba, sendo constituído por 03 (três) membros e seus respectivos suplentes, nomeados pelo Chefe do Poder Executivo. São eles:

Titular indicado pela Secretaria de Estado da Saúde (Presidente): Raphael Lima de Moura Souza

- Suplente: Luciano Santiago Uchôa

2) Titular indicado pela Secretaria de Estado da Fazenda: Marcos Antonio Santos Filho
- Suplente: Bruno Pires Dias

3) Titular indicado pelo Conselho Estadual de Saúde: Milene da Silva Weck Terra
- Suplente: Márcio Flávio Soares Romanha